Aunque todas las personas afectadas comparten características similares, las manifestaciones pueden ser diferentes y son precisamente estas diferencias las que dificultan el proceso diagnostico.
Las características clínicas del SXF se reflejan en las capacidades cognitivas, rasgos físicos, aspectos sociales, conductuales y sensoriales.

Las personas afectadas con el SXF presentan algún grado de déficit cognitivo que les altera su capacidad de pensar, razonar y aprender.
Los afectados por el SXF tienen un perfil cognitivo caracterizado por puntos fuertes y débiles. La gran mayoría tienen una buena memoria visual (de imágenes y dibujos) lo que les ayuda a reconocer letras y números. Generalmente son capaces de seguir ordenes que se presenten en forma visual y tienen un gran sentido de la orientación. En contraposición, presentan dificultad para organizar la información, trabajar con ideas abstractas y resolver problemas.
Para poder progresar las personas XF necesitan mas tiempo para aprender, utilizando métodos adaptados y entornos favorables.
Los niños con SXF presentan un comportamiento característico evidente ya en las primeras etapas del desarrollo. Son especialmente sensibles a los estímulos sensoriales, lo que les provoca rabietas en determinadas situaciones. También se han asociado un gran numero de rasgos al autismo, como escaso contacto ocular, defensa táctil o sensibilidad al tacto, estereotipias de repetición, tanto en el lenguaje como en el comportamiento.
La mayoría de los niños XF, sobretodo los niños, presentan ansiedad social; no les gusta conocer gente nueva o hacer cosas que no estaban previstas en sus planes o rutina. Cuando esto sucede pueden responder con tensión haciendo rabietas, llorando desconsoladamente o haciendo movimientos repetitivos.
Las niñas tienden a ser mas tímidas. Esto les puede provocar mutismo selectivo, es decir, no hablar en determinadas situaciones sociales, sobretodo en el entorno escolar.
También los afectados por el SXF acostumbran a ser hipersensibles a los sonidos y al tacto, así como a la textura de ciertos alimentos.
La hiperactividad e impulsividad son características muy comunes en estos niños, lo que dificulta su aprendizaje.

Características clínicas y conductuales mas frecuentes:
• Problemas de aprendizaje
• Problemas de comunicación; lenguaje
• Comportamiento hiperactivo
• Falta de concentración
• Agresividad
• Irritabilidad
• Impulsividad
• Aleteo con los brazos
• Habla reiterativa
• Rasgos autistas con dificultades en la relación social
• Articulaciones hiper-extensibles
• Contacto ocular pobre
• Convulsiones y epilepsia
• Onicofagia Precoz (morderse las uñas)
• Problemas auditivos derivados de las otitis

Características Físicas mas frecuentes:
• Cara alargada y asimétrica
• Frente prominente
• Mandíbula prominente
• Orejas prominentes
• Testículos grandes
• Dentición irregular
• Estrabismo